Hier ein kurzes HOWTO zum Thema

Kernel manuell kompilieren

Der Ablauf in Kürze am Beispiel Kernel 2.6.25.7:

sudo apt-get install  build-essential kernel-package xmlto libqt3-mt-dev #notwendige Pakete installieren
cd /usr/src   #ins Verzeichnis der Kernelsourcen wechseln
wget http://kernel.org/pub/linux/kernel/v2.6/linux-2.6.25.7.tar.bz2   #Herunterladen des neuen Kernels
sudo -s   #nicht der Königsweg, mich würden aber die 12 mal  "sudo" die jetzt notwendig sind, nerven
tar xjf linux-2.6.25.7.tar.bz2   #entpacken
rm linux   #evtl vorhandenes Verzeichnis löschen
ln -s linux-2.6.25.7 linux   #Softlink erstellen
cd linu x   #Verzeichnis wechseln
cp /boot/config_$(uname -r) .config   #aktuelle Kernelconfig zum neuen Kernel kopieren
#patch -p1 -l < /Speicherort/des/Patches   #evtl patchen, z.B. libata und hdaps
make oldconfig   #alte Config an neuen Kernel anpassen
make xconfig   #Config editieren
make-kpkg clean   #aufräumen
make-kpkg --initrd --revision=meineeigeneVersion binary   #Kaffee oder Tee trinken gehen 
#ln -s /lib/firmware/2.6.24-19-generic /lib/firmware/2.6.25.7   #evtl noch fehlenden Softlink setzen
exit

QUELLE: http://thinkwiki.de/Kernel_kompilieren#Kernel_manuell_kompilieren